En 1097, le sanctuaire est placé sous le nouveau vocable de Notre-Dame par Lambert de Guines, évêque d'Arras. La mère de Robert le Frison, la douairière (4) Adèle, fille de Robert, roi de France, y posa la première pierre. Robert II de Jérusalem vint visiter la prévôté (5), y laissant de précieuses reliques rapportées de Terre Sainte. Thierry d'Alsace, comte de Flandre, fit de ce monastère, restauré par ses soins, son séjour préféré. Il y sera enseveli après sa mort, survenue, le 17 janvier 1168, à Gravelines.
Le monastère reçut, également, la visite du célèbre martyr anglais, saint Thomas Becket. L'abbaye Sainte-Marie-du-Mont, appelé encore Notre-Dame-de-Watten, sera successivement sous la juridiction de vingt-neuf prévôts ou abbés. C'est du XIIIe siècle, vers 1236, que date la première église paroissiale dédiée à saint Gilles. Watten, objet autrefois de pélerinages en renom, a conservé une vénération particulière pour ce Saint.
Pendant les quatre siècles qui suivirent, jusqu'au traite de Nimègue (1678), Watten dut subir les discordes et les guerres incessantes opposant les comtes de Flandre, les Anglais, les Espagnols et les rois de France. En 1296 et 1297, Philippe le Bel envahit la Flandre par deux fois. De son côté, Robert II, comte d'Artois, attaqua Watten, et s'en empara. C'est là qu'il reçut le serment de fidélité au roi de France des députés de Bergues et de Bourbourg. En 1315, le comte Robert de Béthune donna à la ville de Watten une organisation municipale. Auparavant, le seigneur de Watten, tout à la fois chef militaire et civil, prélevait, à sa guise, les tailles sur les produits du sol.
En 1318, le premier échevin prit le nom de mayeur, qui sera appelé plus tard bourgmestre.